UPI पेमेंट पर चार्ज को लेकर नई बहस शुरू हो गई है। केंद्र की नई अधिसूचना में ₹2,000 तक UPI ट्रांजैक्शन पर किसी भी प्रत्यक्ष या अप्रत्यक्ष चार्ज की मनाही की गई है। राहुल गांधी का आरोप है कि इससे ₹2,000 से ऊपर के merchant transactions पर भविष्य में MDR लगाने का रास्ता खुल गया है। हालांकि सरकार स्पष्ट कर चुकी है कि UPI consumers और person-to-person transactions पर कोई transaction fee नहीं लगेगी।